Yürürlüğe giren yeni yönetmelikle doğal sitler 3 kategoride belirlenecektir. Bunlar: -    “Kesin Korunacak Hassas Alanlar” -    “Nitelikli Doğal Koruma Alanları” -   “Sürdürülebilir Koruma ve Kontrollü Kullanım Alanları”   “Kesin korunacak hassas alanlar”; Bakanlar Kurulu kararı ile ilan edilecek bu alanlara yapı yasağı getirilecek ve bu alanlarda bilimsel çalışmalar hariç tüm kullanımlar sınırlandırılacaktır.   “Nitelikli doğal koruma alanları”; koruma amaçlarına uygun olarak yörede yaşayanların alanın mevcut kaynaklarını kullanmasını sağlayarak doğal hayata dayalı geleneksel yaşam şekillerinin korunacağı alanlar olacaktır. “Sürdürülebilir Koruma ve Kontrollü Kullanım Alanları”; ise kesin korunacak hassas alanlar veya nitelikli doğal koruma alanlarını etkileyen, bu koruma bölgeleri ile bütünlük gösteren, korumaya katkı sağlayacak, doğal ve kültürel bakımdan uyumludüşük yoğunlukta faaliyetler,   turizm ve yerleşimlere izin veren alanlar olacaktır.

Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi (Kararname Numarası:1)’nin 97 nci maddesinin birinci fıkrasının (ı) bendinde belirtilen alanlar, (ğ) bendinde Bakanlıkça belirlenen finans ve ticaret merkezleri, özel proje alanları ile 6306 Sayılı Afet Riski Altındaki Alanların Dönüştürülmesi Hakkındaki Kanun ve Uygulama Yönetmeliğinde belirlenen uygulama alanlarında hazırlanan Kentsel Tasarım Projeleri, ilgili idarece veya ilgililerince mevzuat hükümleri doğrultusunda hazırlanarak Bakanlığa sunulur.

Türkiye Cumhuriyeti sınırları içerisinde kalan serbest ve münhasır ekonomik bölgeler dâhil egemenlik ve yargılama sahaları içerisindeki tüm kara ve deniz alanlarında 2872 sayılı Çevre Kanunu ve ilgili mevzuat hükümleri kapsamındaki her türlü kirlilik kaynağı ve ihlaller denetime tabidir. İstisna olarak; Askeri işyerleri, askeri bölgelerin ve tatbikatların, 09/07/1982 tarihli ve 2690 sayılı Türkiye Atom Enerjisi Kurumu Kanunu uyarınca Atom Enerjisi Kurumunun yetki alanına giren kurum, kuruluş ve işletmelerin denetimi ile 11/01/1974 tarihli ve 14765 sayılı Resmî Gazete’de yayımlanan İşçi Sağlığı ve İş Güvenliği Tüzüğü kapsamına giren konuların denetiminde uygulanmaz. Atom Enerjisi Kurumunun yetki alanına giren kurum, kuruluş ve işletmelerin denetiminde ve İşçi Sağlığı ve İş Güvenliği Tüzüğü kapsamına giren konularda Bakanlık ve ilgili kuruluş arasında bir protokol yapılması durumunda Çevre Denetim Yönetmeliği hükümleri uyarınca ilgili kuruluşla ortak denetim yapılabilir.